Como o próprio nome indica, o núcleo de habilidades complexas é responsável por aumentar o repertório já adquirido pelo paciente.   Por exemplo, enquanto no núcleo de habilidades básicas o paciente passou a emitir sons com função comunicativa e ecoar palavras, no núcleo de habilidades complexas ele será estimulado a utilizar a fala de maneira funcional.

Normalmente, os pacientes desse núcleo estão em idade escolar e apresentam déficit em seu repertorio social.  A estrutura de atendimento, portanto, favorece as relações interpessoais com sessões de atendimento em pequenos grupos ou duplas nas áreas de musicoterapia, arteterapia e educação física. Participam do Núcleo de Habilidade Complexas, tanto aqueles que já passaram pelo atendimento no Núcleo de Habilidades Básicas, como os que estão iniciando tratamento, mas foram identificados, em avaliação comportamental, com domínio das habilidades básicas.  

Além das habilidades de relações interpessoais, inicia-se nesse núcleo o ensino de habilidades para leitura e escrita. São priorizadas atividades de coordenação motora para aquisição da escrita e de habilidades psicomotoras, oferecendo para o paciente a oportunidade de formação e estruturação do esquema corporal.